АНАЛИЗ МУТАЦИЙ ГЕНА DSPP С ПОМОЩЬЮ СЕКВЕНИРОВАНИЯ НОВОГО ПОКОЛЕНИЯ

Аннотация

ген dspp кодирует три матрикс — белка — дентиновый сиалопротеин (DSPP), дентиновый фосфопротеин (DPP) и дентиновый гликопротеин (DGP) - белки, которые играют решающую роль в минерализации дентина. Основная диагностическая проблема возникает из-за наличия более 200 тандемных повторов с 9-парами оснований в экзоне 5-го гена dspp, что затрудняет или полностью делает невозможным обнаружение точных мутаций с помощью традиционных методов секвенирования с коротким считыванием. Оценка диагностической эффективности методов секвенирования следующего поколения (NGS) и секвенирования с длинным считыванием данных Oxford Nanopore Technology (ONT) при обнаружении мутаций гена dspp, а также характеристика молекулярного и фенотипического спектра заболеваний дентина, связанных с dspp. В данных Oxford Nanopore Technology (ONT) при обнаружении мутаций гена dspp, а также характеристика молекулярного и фенотипического спектра заболеваний дентина, связанных с dspp. Был проведен систематический анализ опубликованной литературы, включающий данные многоцентровых когортных исследований с использованием панели GenoDENT NGS, ПЦР дальнего действия, секвенирования по Сэнгеру и секвенирования ONT. При классификации вариантов использовались рекомендации Американского колледжа медицинской генетики и геномики (ACMG). В биоинформатическом анализе использовалась адаптация к эталонным геномам GRCh37 и T2T-CHM13v2.0. Анализ имеющихся данных показывает, что в абсолютном большинстве (>97%) клинически подтвержденных случаев могут быть выявлены патогенные или вероятные патогенные варианты DSPP.